Het huis van de moskee vertelt het verhaal van de familie van Aga Djan, die al eeuwenlang de belangrijkste familie is in de Iraanse stad Senedjan. Zij wonen in het huis naast de Djomè-moskee, de grootste moskee van een stad waar het vrijdaggebed wordt gehouden.

Van generatie op generatie komt de imam van de moskee uit de familie van Aga Djan; als het verhaal opent, is dit zijn neef Alsaberi. Als tapijtverkoper staat Aga Djan bovendien aan het hoofd van de bazaar en heeft economische macht.

Kader Abdolah zoomt in deze roman in op de invloed van de gebeurtenissen in Iran op deze familie. Wanneer de revolutie wordt voorbereid en uitbreekt, komt de samenleving onder druk te staan en verliest de familie langzaamaan al hun invloed en zekerheden.