خان الخليلي تجري أحداثها في حي خان الخليلي، وهو الحي الذي أخذت منه الرواية اسمها. تنتقل العائلة الصغيرة، المكونة من أم وأب وأخوين، إلى هذا الحي بحثًا عن الأمان.

تستعرض الرواية حياة الشباب متمثلة في شخصية رشدي، الأخ الأصغر، الذي يعيش مرحلة الشباب بحماس ويمر بتجربة الحب الأولى. ولكن الأحداث تأخذ منعطفًا مؤلمًا حيث يواجه رشدي مصيره المحتوم، مما يضفي على الرواية طابعًا من الحنين والذكريات.